La idea fundamental del proyecto es trabajar con el espacio y el lugar en el que el nuevo edificio se inserta. El nuevo edificio debía realzar los edificios modernistas existentes, el Convent de Valldoncella de 1910, el edificio donde se ubicaba el antiguo Museo de la Ciencia de 1909 y un pequeño barrio de antiguas construcciones de viviendas unifamiliares; debía asimismo crear un punto de encuentro en el barrio donde también se encuentran algunos edificios universitarios.
A pesar del tamaño del edificio (50.000 m2, diez veces mayor que el edificio modernista), éste no debía adoptar una presencia excesiva en el barrio ni desfigurar el entorno urbano. El edificio se sitúa, por lo tanto, bajo el nivel del suelo,aprovecha la pendiente natural del terreno y genera una plaza pública,la plaza de la Ciencia, justo debajo de ella se encuentra la gran sala de exposición delimitada por dos grandes lucernarios longitudinales que permiten tener siempre una referencia al exterior desde los espacios enterrados.
De esta manera, el edificio modernista, una vez restaurado, recupera el protagonismo del espacio al presidir la plaza de la Ciencia y el barrio mejora la calidad de sus espacios urbanos.